Kun. Alfonsas Lipniūnas dar būdamas klieriku pradėjo aktyvią visuomeninę veiklą: vadovavo klierikų abstinentų draugijai, skaitė paskaitas pavasarininkams. Nuo 1930 m. įšventintas kunigu buvo Panevėžio katedros vikaru ir vyskupijos jaunimo direktoriumi. Jo pamokslai, pašnekesiai, asmeniniai ryšiai turėjo didelės įtakos ateitininkams.

 

Uždraudus moksleivių ateitininkų veiklą, A.Lipniūnas padėjo jiems susiorganizuoti tolesnei veiklai pogrindyje. Nuo 1939 m. kun. A. Lipniūnas persikėlė į Vilnių. Čia į jo pamokslus lietuviai rinkdavosi iš viso Vilniaus, dažnai net netikintys. Karo metu organizavo šalpą, atgaivino slaptą katalikų moksleivių ir studentų veiklą. 1943 m. vokiečių suimtas ir išvežtas į Štuthofo koncentracijos stovyklą, kur kalėjo su kun. Stasiu Yla. Evakuacijos metu susirgo ir mirė, palaidotas Pucko kapinėse, Lenkijoje.